До сих пор для анализа ДНК и РНК необработанных генетических данных нужны были мощные компьютеры. Ученые из Австралии и Шри-Ланки разработали с этой целью приложение Genopo. Его можно использовать для анализа данных с помощью современного смартфона. Так, геном коронавируса Sars-CoV-2 можно проанализировать менее чем за полчаса.
Как сообщают авторы в Communications Biology, у этого бесплатного приложения открытый исходный код. Genopo работает на устройствах Android, его можно будет загрузить из Google Play.
По-прежнему требуется дополнительная технология для геномного секвенирования, но она уже доступна и представляет собой портативное устройство размером с USB-накопитель, которое позволяет быстро создавать геномные последовательности из образца в полевых условиях или в клинике. Такая технология использовалась врачами для мониторинга Эболы в Западной Африке, исследователями для создания микробных профилей в Арктике или для определения генетического материала коронавирусов во время текущей пандемии Covid-19.
Разработчики приложения разделили рабочие процессы биоинформатики на крошечные наборы данных секвенирования. Теперь генетические данные можно обрабатывать даже с помощью ограниченных вычислительных ресурсов сотового телефона.
Исследователи протестировали Genopo, используя исходные данные секвенирования образцов вируса, полученных в Сиднее от девяти пациентов, инфицированных Sars-CoV-2. Генетический материал коронавируса был извлечен из образца мазка, амплифицирован и затем секвенирован с помощью портативного устройства. Приложению потребовалось в среднем примерно 27 минут для определения из этих данных полной последовательности генома возбудителя.
Разработка призвана сделать геномику более доступной для удаленных или плохо обслуживаемых регионов. По мнению исследователей, таким путем можно проводить анализ генома прямо при пациенте, практически в реальном времени. Есть и другие области применения, например для характеристики генетических модификаций, которые способны изменять активность генов.
