Омикрон — доминирующий сегодня штамм коронавируса SARS-CoV-2 — возник иначе, чем считалось, сообщают в Science немецкие исследователи.
Штамм Omicron, впервые найденный год назад в Южной Африке, отличается от дикого типа вируса как минимум 50 мутациями. Этот вариант чрезвычайно заразен и относительно легко справляется с нашей иммунной защитой. Поэтому он смог за несколько недель вытеснить штамм Delta, ранее преобладавший по всему миру.
Но как и где зародился омикрон? По первой гипотезе, SARS-CoV-2 мог перейти от людей к животным в Африке и накопить там свои мутации, а затем возвратиться к людям, а по второй — развиться у человека с сильно ослабленной иммунной системой, что дало ему дополнительное время и возможность оптимально адаптироваться.
Международная команда Карло Фишера из Медицинского университета Шарите проанализировала более 13 000 образцов вируса из 22 африканских стран, которые были взяты с середины 2021 по начало 2022 года. Используя специальный ПЦР-тест, они выявили специфические для омикрона варианты, а также подвергли полному секвенированию около 670 образцов вируса.
Удивительно, но омикрон впервые появился не только в Южной Африке и не в ноябре 2021 г. В августе и сентябре 2021 г. в шести различных странах Западной и Восточной Африки уже были люди с мутациями коронавируса, похожими на омикрон: близкие и более отдаленные предшественники этого штамма. Они циркулировали одновременно в разных регионах континента и уже обладали 38,3-66,7 % мутаций, которые позже отнесли к первому варианту омикрона BA.1.
Следовательно, омикрон является результатом постепенной эволюции нескольких независимо развивавшихся форм предшественников. Этот вывод опровергает обе ранее обсуждавшиеся гипотезы о происхождении штамма Omikron, что объясняется диагностическим "слепым пятном" в значительной части Африки, где регистрируется лишь небольшая часть случаев заражения SARS-CoV-2.
На развитие омикрона просто не обратили внимания. Поэтому важно значительно укрепить системы диагностического надзора на африканском континенте и в сопоставимых регионах глобального Юга и облегчить обмен данными во всем мире, считают вирусологи.
